Naměřená data se používají převážně pro potřebu Povodí Vltavy, s. p., jako správce významných toků a dále jsou jeho prostřednictvím poskytovány orgánům státní správy jako podklad pro jejich rozhodování. Pravidelná měření na profilech základní a regionální sítě jsou využívána jako srovnávací data k posuzování změn jakosti vody z hlediska dlouhodobých trendů vývoje jakosti vod.
Laboratoře mají zaveden kontrolní systém jakosti, který je v souladu s ČSN EN 45 001 (bude nahrazen ČSN EN ISO/IEC 17025) a jsou v evidenci Českého institutu pro akreditaci ČIA a Střediska pro posuzování způsobilosti laboratoří ASLAB. Laboratoře jsou v rámci poskytovaných výsledků nezávislé. Mezi jednotlivými pracovišti probíhá kooperace.