Pro další zvýšení produktivity je centrum a500Z vybaveno řídicím systémem Makino Professional 6 (PRO 6). Řídicí systém se snadno ovládá a zkracuje tak dobu zaškolení nových operátorů.
Funkce pro pokročilé řízení pohybu Geometric Intelligence (GI) zkracují celkovou dobu cyklu obrábění u typických vyráběných dílů, např. hydraulických ventilů nebo skříněk elektroniky. GI Drilling umožňuje vřetenu a nástroji přejíždět od otvoru k otvoru po zakřivené dráze, nikoliv pravoúhlé. To ve srovnání s běžným vrtáním soustavy děr zkracuje neproduktivní dobu přejezdu nástroje mezi jednotlivými operacemi vrtání. Na druhou stranu GI Milling zvyšuje výkonnost frézování ploch a umožňuje uživateli definovat tolerance zaoblení rohu pro každou dráhu frézy.
Řídicí systém Makino PRO 6 je pro dosažení větší efektivity vybaven funkcí IAC – Inertia Active Control. IAC poskytuje zpětnou vazbu od servomotorů a nastavuje pro specifické palety s polotovarem optimální zrychlení a zpomalení.