Význam klimatizace nespočívá pouze v udržování teplotních podmínek, ale také v čištění vzduchu v klimatizovaných oblastech. Jedním případem tohoto využití jsou místa, která jsou znečištěna již z povahy svého využití. Jedná se například o kuřárny, výrobní haly nebo infekční oddělení nemocnic. Ale i na jiných místech, kde riziko není tak vysoké, může v důsledku špatné údržby klimatizačních zařízení dojít k přemnožení a rozšíření choroboplodných zárodků.
Problém kontaminace vnitřního prostředí, ať už různými viry, mikroby či prachem nebo kouřem, je velice aktuální záležitostí, neboť lidé tráví velkou část svého života v uzavřených prostorech – v kanceláři, v bytě, při cestování dopravními prostředky. Proto je případné čištění vzduchu důležitou součástí návrhu klimatizace a ventilace uzavřených prostor.
Oba druhy klimatizací, o nichž byla v tomto článku řeč, mají jiné vlastnosti z hlediska šíření kontaminace. Mísicí typ nečistoty roznese po celé klimatizované oblasti. V případě vytěsňovacího systému tomu lze zabránit, ale je nutné najít způsob, jak oddělit starý a kontaminovaný vzduch od čistého, který se vhání u podlahy. Řešením může být například dodatečné odsávání.
Problém kontaminace vnitřního mikroklimatu může nabývat na významu v případě klimatizací v dopravních prostředcích. Cestující s posádkou jsou uzavřeni v ohraničeném prostoru, což s sebou nese zvýšené riziko šíření infekce. Udržování kvality vzduchu v těchto uzavřených prostorech se tedy stává hlavní prioritou a požadavkem na instalované HVAC systémy.