Jednou z oblastí průmyslu, kde zavedení a certifikace systému jakosti ještě není běžnou věcí, je výzkum a vývoj. K prvním výzkumným organizacím, kde byl systém jakosti zaveden a certifikován, patří Škoda Výzkum, s. r. o., která již od roku 1998 vlastní certifikát systému jakosti podle ČSN EN ISO 9001, platný pro výzkum, vývoj a technické poradenství v oblasti strojírenství a energetiky, elektrotechniky, materiálů a technologií.
Skutečnost, že požadavky na certifikát systému jakosti neutichají, ale naopak zesilují, je zřejmá na každém kroku. Pro výzkumnou organizaci byla obecně největším problémem implementace původní normy určené zejména pro sériovou a hromadnou výrobu, u menších organizací se navíc přidávají i nemalé finanční náklady na celý proces certifikace. Nové vydání norem ISO řady 9000 z roku 2000 však již některé nedostatky odstranilo a dává těmto organizacím větší volnost v uplatňování a aplikaci požadavků normy na systém jakosti. Zkušenosti ze Škoda Výzkum, s. r. o., ukazují, že implementace systému jakosti pomohla v různých činnostech k zavedení pořádku a systematičnosti, bez nichž dnes fungování organizace již není možné. V současné době, kdy je potřeba získávat nové a udržovat si stávající spokojené zákazníky, se musí všechny činnosti neustále zlepšovat a zdokonalovat. Proto norma ISO 9001:2000 svým zaměřením na zákazníka a procesním přístupem nutí organizaci neustále zlepšovat svůj systém jakosti, pravidelně monitorovat a měřit výsledky svých činností a také zjišťovat přání a spokojenost zákazníků.