Od 1. 7. 2014 nabudou účinnosti nové předpisy EU, které jsou nadřazeny českým zákonům a které výrazně změní pravidla pro poskytování státní podpory VaVaI:
• nařízení Komise (EU) prohlašující určité kategorie podpory za slučitelné se společným trhem na základě článků 107 a 108 Smlouvy o ES (GBER);
• rámec Společenství pro státní podporu výzkumu, vývoje a inovací.
Stávající zákon č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu, vývoje a inovací, s nimi v řadě ustanovení je v rozporu, a navíc řada nových pravidel EU v něm zcela chybí. Kompatibilní s novými předpisy EU není ani novela zákona č. 130/2002 Sb., kterou už rok a půl Rada připravuje. Přitom veškerá podpora z výdajů státního rozpočtu poskytovaná po 1. 1. 2015 bude muset být s těmito předpisy v souladu, což znamená mj. upravit desítky programů VaV a schválit je vládou, prostřednictvím dodatků více upravit smlouvy a rozhodnutí o poskytnutí podpory u více než 5 500 projektů, zcela změnit způsob uznávání stovek výzkumných organizací a způsob jejich podpory, změnit způsob podpory poskytovaný na činnost Rady, TA ČR, GA ČR a zejména AV ČR atd.
Diskuse Rady, ÚOHS a resortů (poskytovatelů) teprve započala dne 17. 2. 2014 a názory na další postup se diametrálně liší. To vzhledem ke značnému množství změn a zpoždění prací může mít pro český výzkum silně negativní důsledky.