Nejvíce překážek transferu technologií se paradoxně nachází právě u těch aktérů, kteří by na něm měli mít největší zájem – u univerzit a VO. Navíc jde o překážky dvojího typu:
a) Překážky směrem vně organizace:
• velmi odlišné nastavení cílů a priorit organizace oproti průmyslovým podnikům;
• neschopnost kvalitně komunikovat s průmyslem;
• neschopnost přizpůsobit zásadní parametry přístupu ke spolupráci potřebám komerčních subjektů (rychlost, transparentnost, kvalita, zákaznický přístup);
• byrokracie a nepružné, pomalé rozhodovací procesy;
• chybějící ovládání principů bezpečného zacházení s důvěrnými informacemi;
• neschopnost pomoci firmám se zpracováním zadání pro výzkum a vývoj;
• neschopnost komunikovat firmám přínosy spolupráce a výhody nabídky.
b) Překážky směrem dovnitř organizace:
• chybějící rozpočtové položky na výdaje spojené s rozběhem transferu technologií;
• nechuť, obavy a chybějící motivace vědeckých pracovníků ke komercializaci;
• akademická politika místo manažerského přístupu napříč organizační strukturou;
• administrativní zatížení vědeckých pracovníků;
• absence jasně definovaných pravidel a postupů (způsobující přehnanou opatrnost);
• obavy vědeckých pracovníků o ztrátu respektu svého okolí;
• nedostatek času vědeckých pracovníků;
• obavy vědeckých pracovníků o vyzrazení know-how konkurenčním akademikům;
• neochota vědeckých pracovníků sdílet své kontakty k systematickému zpracování;
• značné rozšíření neoficiálního podnikání pracovníků s neoprávněným využíváním zdrojů organizace;
• rezistence vědeckých pracovníků z dalších důvodů (nedůvěra k TT či špatné zkušenosti z pokusů o formální nastavení spolupráce na komercializaci se svým zaměstnavatelem);
• křížení vlivů a zájmů množství různých zainteresovaných osob;
• chybějící oddělené účetní sledování různých činností s použitím stejných
zdrojů;
• nevhodné personální obsazení CTT; stanovení chybné role CTT vedením organizace jako „trafiky“ pro vysloužilé akademiky.