Spektrum Ottovy nakladatelské aktivity bylo ohromné - od ucelených edicí až po různorodá periodika, jako například rodinný týdeník Zlatá Praha nebo Masarykův časopis Athenaeum. Avšak Ottovým největším nakladatelským a také podnikatelským počinem byla bezesporu velmi úspěšná a vůbec největší česká všeobecná encyklopedie - Ottův slovník naučný. V rozpětí let 1888 až 1908 vydal 27 dílů s tím, že 28. díl, zvaný Doplňky, dal do oběhu o rok později. Vedle tohoto obrovského a pozoruhodného díla, které v tomto rozsahu u nás dodnes nebylo překonáno, se nakladatelství zasloužilo i o takové velké projekty, jakým byla Ottova světová knihovna, která do svého ukončení v roce 1931 dosáhla počtu téměř 2000 vydaných titulů. Na ni pak úspěšně navázala Světová četba. Dokonale se jí podařilo seznamovat českou veřejnost ve vesměs kvalitních překladech s významnými díly světové literatury, přičemž anglická a ruská měly své samostatné řady. Nedílnou součástí Ottovy vydavatelské strategie byly rovněž naučné tituly, včetně na svou dobu velmi dobrých jazykových slovníků. Širokou popularitu si získala Laciná knihovna národní, což byla vůbec jedna z prvních Ottových edic, která čtenáře seznamovala s díly českých spisovatelů za vskutku lidové ceny. Otto si byl v tomto případě vědom, že nebude výdělečný, ale přesto pokračoval, neboť mu šlo i o podpůrnou aktivitu. V jeho nakladatelství samozřejmě vycházely i sebrané spisy Jaroslava Vrchlického, Jakuba Arbese, Karoliny Světlé, ale i Williama Shakespeara a dalších světových autorů. Pro náročnější vydával výpravné knihy, například Život zvířat od známého německého zoologa a cestovatele Alfreda Brehma či hudební a umělecká díla jako Brožíkovo album, Marold, Chitussi, Aleš aj.
Není tedy sporu, že vést podnik s takovým záběrem mohl jen mimořádně talentovaný a pracovitý člověk. Právě na organizaci práce při vydávání encyklopedie je nejlépe vidět, že Otto byl nejen velkým vlastencem a zapáleným propagátorem populárně vědeckých a humanitních idejí formou českého tištěného slova na vysoké odborné úrovni, nýbrž i zdatným podnikatelem. Jen zvažme, že na Ottově slovníku naučném na jedné straně pracovalo několik stovek specialistů z celé řady odborných odvětví společenských a přírodních věd, ale na straně druhé pouze hrstka redaktorů. Otto uměl přísně kalkulovat a jako na lékárenských vážkách měřil nejen míru spotřeby papíru, tiskárenské černě a vynaložené energie, nýbrž i náklady na živou sílu se zvláštním zřetelem na uplatnění a samozřejmě i rentability každého jednotlivce. Když k tomu připočteme, že to byla doba, kdy se vlastně ještě ani nepoužíval telefon a veškeré kontakty mezi redakcí, tiskárnou, zpracovateli a dalšími zaangažovanými lidmi se odehrávaly buď pěším pochodem po tehdy nevábných pražských komunikacích, případně bryčkou (ale to jen tehdy, když se jednalo o nějaké těžší balíky), tak nelze než v hluboké úctě smeknout. Jistě největším vyznamenáním pro tento mimořádný nakladatelský počin je, že navzdory nynější zcela přirozené zastaralosti v mnoha oborech, nejen technických, vychází reprint tohoto díla, a dokonce i jeho vydání na CD-ROM.