Důležité ale je, že přínos EDI není pouze v rychlosti, spolehlivosti a snížení nákladů, ale že funkční EDI komunikace může otevřít společnosti cestu k novým trhům.
Jenže pro řadu zejména menších a středních společností představuje zavedení EDI komunikace zdánlivě velký problém. Většinou jsou k přechodu na EDI nuceni svými velkými obchodními partnery, kteří vyžadují, aby výměna dokladů probíhala výhradně prostřednictvím EDI komunikace.
Omezujícím faktorem pro zavedení EDI bývá také představa, že bude potřeba velké investice do speciálního SW, HW a odborného týmu. Proto menší společnosti často využívají webové portály svých obchodních partnerů, které jim umožňují přímé zadání nebo stažení dokladů. Toto řešení ale firmám náklady příliš neušetří.