Kritickým okamžikem je delší odstavení obráběcího stroje z provozu. Chladicí emulze je pak bez pohybu a v teple. Pokud je povrch hladiny uzavřen vrstvičkou oleje a navíc jsou v nádrži usazeniny (třísky a kaly), vzniká podhoubí pro masivní bujení bakterií a degradaci obsahu nádrže. Co tedy v takovém případě dělat? Vyplatí se zbytkový olej separovat, nádrž vyčerpat a vyčistit, kapalinu přefiltrovat a například v IBC ji provzdušňovat. Při použití vhodných přístrojů lze tento proces zvládnout za několik hodin. Zabrání se tak nemilému setkání se zapáchající a bakteriemi kontaminovanou emulzí, k němuž by došlo po odstávce. Výše zmíněný proces čištění by pak stejně musel proběhnout, a navíc by byl doprovázen kontaktem pracovníků s namnoženými bakteriemi, ohrožujícími jejich zdraví. Nádrž obráběcího stroje, hadice, kanálky a trysky je před napuštěním nové chladicí emulze nutné dezinfikovat a propláchnout.