Jak známo, kde existuje zvýhodnění, naskýtá se i prostor pro možné podvody. Z tohoto důvodu musí být celý dodavatelský řetězec kontrolován certifikačními společnostmi, které dohlížejí na dodržování kritérií udržitelnosti. V případě výše popsaného odpadního oleje, který vykazuje na vstupu nulové hodnoty emisí skleníkových plynů a z něj vyrobené biopalivo může být započítáno dvakrát, se jedná o kontrolu, zda nedošlo k potenciální záměně odpadního oleje za surový rostlinný olej. Bez platného certifikátu, např. ISCC, REDcert, nebo certifikátu podle české legislativy není možné realizovat obchod s biopalivy nebo surovinami na jejich výrobu, tedy například s řepkou, cukrovou řepou, pšenicí či použitým fritovacím olejem.
Doposud byla kontrola úspor emisí skleníkových plynů de facto rutinní záležitostí, jelikož většina výrobců používala standardní hodnoty uvedené ve směrnici. To již ale nebude v budoucnu možné. Například v Česku nejběžnější MEŘO musí zefektivnit ukazatel úspory emisí. Výrobci doposud většinou uvádějí jen standardní hodnotu 52 g CO2ekv/MJ, která odpovídá úspoře ve výši 38 procent. V roce 2017 by již požadavek na úspory nesplňovalo (viz graf).