Podstatu hodnocení výzkumu a vývoje je možné nejlépe charakterizovat, když budeme výzkumný a vývojový útvar pojímat jako systém transformace vstupů na výstupy, respektive výsledky. Typickými vstupy jsou např. materiál, lidské zdroje, informace, nápady, zařízení, finance apod. V útvaru výzkumu a vývoje (procesní systém) se tyto vstupy transformují na výstupy, které mohou mít podobu patentů, nových výrobků a procesů, vytvořených a dokončených výzkumných a vývojových projektů a návrhů, publikací, nových principů a poznatků, získaných ocenění apod.. Odběratelem, respektive uživatelem výstupů jsou různé, převážně interní subjekty, jako např. útvar podnikového plánování, výroby, marketingu apod. Reálný efekt projektu však netvoří zmíněné výstupy, nýbrž výsledky, které vznikají využíváním výstupů uživatelským systémem a projevují se např. ve formě snížení nákladů, zvýšení prodejů apod.
Z výše uvedeného popisu je zřejmé, že existují tři hlavní oblasti hodnocení výkonnosti výzkumu a vývoje: hodnocení vlastního procesu výzkumu a vývoje, hodnocení výstupů v relaci ke vstupům a hodnocení výsledků ve vztahu ke vstupům.
Velkým problémem většiny v praxi využívaných systémů pro měření výkonnosti výzkumu a vývoje je, že kladou příliš velký akcent na měření a zpětnou vazbu v rámci vlastního procesu výzkumu a vývoje. Pokud se útvar výzkumu a vývoje zaměřuje výhradně na úspěšnost svých činností (plnění termínů a zadaných úkolů, sledování technické dimenze a formálních aspektů projektů apod.), může se zdát, že koná dobrou práci, aniž by vytvářel jakoukoli hodnotu (reálné efekty) pro podnik. Dalšími často se vyskytujícími problémy jsou potlačování významu kvalitativních faktorů úspěšnosti, nadměrná víra v objektivitu výstupních metrik a přílišná složitost a subjektivita hodnocení.